Prvi put izabran 2016., Čeferin je izabran aklamacijom tokom godišnjeg Kongresa organizacije u Lisabonu. Kao i prilikom prvog reizbora 2019., Čeferin je bio jedini kandidat.

"To mi stvarno puno znači, to je velika čast, ali prije svega to je velika odgovornost prema vama i prema fudbalu. Daću sve od sebe da ne razočaram vas i da ne razočaram fudbal", rekao je Čeferin.

Profesionalni advokat, 55-godišnji Slovenac preuzeo je čelo UEFA-e od Francuza Mišela Platinija, koji je dao ostavku zbog skandala sukoba interesa i zloupotrebe ovlasti. Platini i tadašnji šef FIFA-e Sep Blater kasnije su se suočili s kaznenim optužbama u tom slučaju u Švajcarskoj, ali su na kraju obojica oslobođeni prošlog jula.

Čeferin se pokazao sposobnim političkim operaterom u toj ulozi, njegujući ključne odnose u Briselu i nacionalnim prestonicama.

UEFA, koja organizuje međunarodno Evropsko prvenstvo i vodeću Ligu šampiona, suočila se s nekoliko izazova pod Čeferinovim vođstvom.

U aprilu 2021. predsjednik UEFA-e ispratio je internu pobunu, kada su neki od najvećih fudbalskih klubova u Evropi pokušali stvoriti otcijepljenu Super ligu, okupljajući elitu evropskog fudbala. Projekat se suočio sa širokom reakcijom navijača i političara i propao je manje od dva dana nakon što je lansiran.

Ali bitka se sada preselila na sudove, pretvarajući se u ogorčenu borbu za kontrolu evropskog fudbala, jer su se tri pobunjenička kluba žalila Sudu Evropske unije da je UEFA-in monopol nad međunarodnim fudbalskim takmičenjima u Evropi nezakonit. Očekuje se da će sud donijeti konačnu presudu u narednim mjesecima. Glavni advokat suda čvrsto je stao na stranu UEFA-e u neobvezujućem mišljenju iznesenom u decembru 2022.

Čeferin se suprotstavio planovima FIFA-e, čiji je predsjednik, Đani Infantino, takođe neosporno ponovo izabran prošlog mjeseca, da poveća učestalost Svjetskog prvenstva za muškarce. Čeferin je rekao da bi turnir svake dvije godine imao "strašne posljedice za fudbal generalno".

Ali UEFA se našla na meti kritika zbog organizacije finala Lige šampiona u Parizu prošlog maja, kada je francuska policija gađala suzavcem navijače i tukla ih palicama, zbog čega se Čeferin izvinio nakon što je nezavisna istraga oštro kritikovala UEFA-ino postupanje na glavnoj utakmici.

Sljedeći Čeferinov mandat mogao bi biti posljednji, skladno promjeni pravila UEFA-e pod njegovim predsjedavanjem 2017. godine, kojom je uvedeno ograničenje od tri mandata za predsjednika i članove Izvršnog odbora. Ali još uvijek postoji šansa da bi Čeferin mogao ostati i nakon ovog mandata, jer ostaje rasprava o tome treba li se njegov prvi mandat računati u ograničenje, budući da je preuzeo dužnost tokom onoga što je trebao biti Platinijev mandat.

U intervjuu za "Politico" 2021. Čeferin je istakao važnost ograničenja mandata, što je, kako je rekao, njegova prva reforma nakon što je izabran. "Ne želim ostati 30 godina; pogrešno je ostati predugo. I, iskreno govoreći, treba vam svježa krv, trebaju vam ljudi s idejama. Nakon tri mandata morate raditi nešto drugo", rekao je tada.